salut, une autre solution héritée de photoshop, passer par un "layer effect", ou effet de calque.
Il te faut télécharger le plugin ici :
http://registry.gimp.org/node/186
ensuite l'installer.
tu fais ce que tu as à faire (dans ton exemple, tracer un rectangle de selection. tu veux changer la couleur ? pas de probleme.
Suffit de cliquer droit sur un calque (avec fond transparent) dans la fenetre des calques, et choisir color overlay. et hop tu peux changer la couleur du calque à loisirs, et tu peux meme laisser l'effet sur un calque à part au dessus, pour refaire la manipulation à loisirs.
tu as aussi d'autres effets de calque, reprenant ceux de photoshop CS pour la plupart. c'est trés pratique.
une autre façon d'aborder ton probleme aurait put etre de travailler en chemins. Tu convertis ta selection en chemin, ensuite clic droit sur le chemin (dans la fenetre des chemins) = selection de l'outil chemin, et là tu peux modifier, tracer, etc...autant de fois que tu le veux, car tu travailles alors en courbes de béziers et non plus en bitmap (enfin, en gros, quoi).
a+
EDIT : désolé j'ai lut trop vite, la solution du travail en chemin a déja été donnée.

gfig est également un outil de tracé vectoriel (=chemins), par ailleurs.